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365体育牧草課題組公佈我國第一個牧草(鴨茅)基因組

點擊數:2019-07-08 08:52:22 来源:365体育网站

最近  ,365体育网站動物科學與技術365体育网站牧草研究小組在植物學權威雜誌《Plant Biotechnology Journal》上發表了題爲《Genome assembly provides insights into the genome evolution and flowering regulation of orchardgrass》的研究論文 ,這是第一個發表高質量參考基因組的研究論文。高品質的草和草 ,是一種浮萍分子。育種提供了重要的基礎信息支持,這是中國出版的第一個牧草參考基因組 。

動態科學365体育网站的黃林泰教授是第一作者,博士 。學生馮光豔 ,嚴海東和諾志遠張忠仁是共同的第一作者 。張新泉教授是交流的作者。 Nuohe Zhiyuan博士蔣文凱是通信的合着者,川農是第一個單位。第一位通訊作者,美國農業部牧草和草地資源研究實驗室的研究員Shaun Bushman,弗吉尼亞理工大學的Aure博士和佛羅里達大學的王江平副教授參加了這項研究 。《Plant Biotechnology Journal》是中國科365体育网站在生物科學和植物科學領域的區域性雜誌。影響因子在2019年爲6.8,在農學和作物科學中排名第一 。

Dactylis glabra是一種優質多年生草本牧草,廣泛用於歐洲,北美洲,大洋洲和中國西南部 。它是世界上四種廣泛分佈的草之一。然而 ,由於Dactylis glomerata基因組的高重現性和高雜合性 ,Dactylis glabra的參考基因組多年來一直沒有。本研究選擇二倍體Dactylis glabra作爲研究對象 。第二代和第三代測序策略與Hi-C染色體構象捕獲技術,BioNano光學圖譜和10X Genomics技術相結合 ,首次完成了D. argyi基因組的測序和組裝。在該研究中獲得的空心蓮子草的基因組大小爲約1.84Gb,重疊羣N50爲0.93Mb,並且支架N50爲6.08Mb。共鑑定了40,088個蛋白質編碼基因 ,在草類植物基因組研究領域處於領先水平 。序列分析表明,69%的果蠅基因組剪接基因組序列是轉座子,長末端重複序列(LTRs)佔最多。據推測 ,LTRs可能在D. sinensis基因組中擴增 ,以適應一百萬年前的活力  。環境變化 。在這項研究中,BSA ,轉錄測序和QTL定位技術相結合,以確定控制開花性狀的四個潛在調控基因,這爲有針對性地選擇農藝性狀提供了新的線索。

全文鏈接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/pbi.13205